Pada tahun 2019, Prabowo menerima undangan untuk bergabung di Kabinet Indonesia Maju sebagai Menteri Pertahanan karena urgensi untuk memperkuat pertahanan Indonesia. Di bawah kepemimpinan Prabowo, pembangunan pertahanan Indonesia mengalami percepatan yang signifikan. Saat ini, Indonesia memiliki komponen cadangan yang terlatih, industri pertahanan terkonsolidasi, ekspor produk pertahanan meningkat, diplomasi pertahanan menguat, dan peralatan tempur tercanggih untuk menjaga kedaulatan NKRI.
Salah satu fokus Prabowo sebagai Menteri Pertahanan adalah meningkatkan kualitas sumber daya pertahanan Indonesia. Ia meningkatkan kualitas pendidikan di Universitas Pertahanan (UNHAN), mendirikan Fakultas Kedokteran Militer, mendirikan Kampus Ben Mboi UNHAN di perbatasan Indonesia dengan Timor Leste, membuka pintu kantor Kementerian Pertahanan kepada kadet UNHAN, dan memberikan beasiswa bagi putra-putri terbaik bangsa yang ingin berkuliah di UNHAN.
Prabowo juga memberikan perhatian khusus untuk SMA Taruna Nusantara di Magelang, tempat ia adalah salah satu pendirinya. Dengan peningkatan fasilitas dan kurikulum, Prabowo berharap SMA TN dapat kembali menjadi salah satu SMA unggulan terbaik di Indonesia.
Sebagai negara yang luas, Indonesia harus memiliki sistem pertahanan semesta. Dalam konteks ini, TNI aktif harus didukung oleh komponen cadangan. Prabowo merekrut dan membentuk komponen cadangan sesuai dengan amanat UU 23/2019 tentang Pengelolaan Sumber Daya Nasional (PSDN) untuk Pertahanan Negara.
Prabowo juga aktif dalam mengatasi pandemi Covid-19 di Indonesia dengan meningkatkan kapasitas ruang rawat inap dan ICU, mendatangkan obat-obatan, serta membuat alat penunjang seperti ventilator dan APD di Pusat Rehabilitasi Kemhan RS Dr. Suyoto. Ia juga menerima penghargaan Darjah Utama Bakti Cemerlang (Tentera) dari Pemerintah Singapura atas jasanya dalam menjaga hubungan baik dalam bidang pertahanan.
Dalam bidang diplomasi pertahanan, Prabowo berhasil menjalin kerjasama dengan negara-negara kunci seperti Prancis, Jepang, Australia, dan Singapura. Indonesia juga menerima kunjungan delegasi tinggi dari negara-negara sahabat yang datang untuk bertemu Prabowo di kantor Kementerian Pertahanan RI. Selain itu, Prabowo aktif di forum internasional sebagai pembicara kunci, seperti International Institute for Strategic Studies (IISS) Manama Dialogue dan Shangri-La Dialogue.
Prabowo juga terlibat dalam upaya pencarian KRI Nanggala 402 yang hilang kontak dan memberikan dukungan kepada keluarga prajurit yang terlibat. Selain itu, ia juga berkoordinasi dengan Panglima TNI dalam merencanakan pertahanan Ibu Kota Negara Nusantara di Kalimantan Timur.
Prabowo juga memperkuat industri pertahanan dalam negeri dengan meningkatkan kapabilitas BUMN dan industri pertahanan, serta mendorong pembentukan holding BUMN pertahanan. Ia juga melanjutkan kerjasama pembuatan pesawat tempur KFX IFX agar Indonesia bisa memiliki pesawat tempur buatan sendiri.
Dengan dukungan Presiden, parlemen, Kementerian Keuangan, Kementerian Luar Negeri, dan Bappenas, Prabowo membuat terobosan dalam perencanaan pembangunan kekuatan pertahanan Indonesia untuk 25 tahun ke depan. Prabowo juga memastikan bahwa sarana dan prasarana TNI AD, TNI AL, dan TNI AU tercukupi dan dalam kondisi prima.
Atas dedikasi dan loyalitasnya terhadap bangsa dan negara, Prabowo diberi gelar Warga Kehormatan oleh Korps Brimob Polri. Ia juga mendorong industri pertahanan Indonesia untuk menjalankan manajemen terbaiknya agar terus berkembang. Prabowo juga telah melakukan sejumlah kegiatan kemanusiaan dan pembangunan fasilitas kesehatan di berbagai daerah di Indonesia.